Las relaciones diplomáticas entre la Soberana Orden de Malta y la República de Guatemala se establecieron oficialmente en 1959, marcando el inicio de una asociación duradera basada en el respeto mutuo y la cooperación humanitaria.

En 1986, ambas partes reforzaron sus lazos mediante la firma de un Acuerdo de Cooperación, que sentó las bases para proyectos humanitarios conjuntos y asistencia médica en todo el territorio guatemalteco.

A lo largo de los años, visitas de alto nivel han consolidado aún más esta relación. En noviembre y diciembre de 1992, el Gran Maestre de la Orden de Malta, Fra’ Andrew Bertie, visitó Guatemala como parte de una gira por América Latina que incluyó Colombia y El Salvador. Más recientemente, en marzo de 2013, el Gran Hospitalario de la Orden, Albrecht Freiherr von Boeselager, realizó una visita oficial a la República de Guatemala, demostrando el compromiso continuo de la Orden con la región.

Líderes guatemaltecos también han visitado la sede de la Orden en Roma. El 12 de junio de 2002, el vicepresidente Juan Francisco Reyes fue recibido por el Gran Maestre Fra’ Andrew Bertie. Más tarde ese mismo año, el 26 de noviembre de 2002, el presidente de Guatemala, Alfonso Antonio Portillo Cabrera, también fue recibido por el Gran Maestre.

El 24 de mayo de 2022, el Ministro de Relaciones Exteriores de Guatemala, Mario Adolfo Búcaro Flores, sostuvo una reunión virtual con Albrecht Freiherr von Boeselager, entonces Gran Canciller de la Orden de Malta, para dialogar sobre la colaboración actual y futura.